Meyve Yetiştirme ve Islahı, Sebze Yetiştirme ve Islahı, Bağcılık ve Süs Bitkileri Yetiştiriciliği ile bu ürünlerin Muhafazası ve Derim Sonrası Fizyolojisi, Biyoteknoloji ve Organik Yetiştiriciliği konularında seçim yaparak eğitim yapabilmekte ve o konuda uzmanlaşmaktadırlar. Bahçe Bitkileri Yüksek Lisans programına lisans eğitimini Bahçe Bitkileri Bölümü, Ziraat Mühendisliği Programı, Bitkisel Üretim Programında yapmış mezunlar veya Bilimsel Hazırlık Programına katılmak koşuluyla diğer lisans mezunları başvurabilmektedir. Öğrenciler, Yüksek Lisans programda eğitim-öğretimleri süresince dersler, seminer ve tezden oluşan toplam 120 AKTS yi tamamlamış olmaları ve genel not ortalamalarının 2.50 veya üzerinde olması zorundadır.
Bu programı başarıyla tamamlayan öğrenciler Yüksek Lisans derecesi kazanırlar. Tezli Yüksek Lisans programlarından mezun olanlar, doktora programlarına başvuruda bulunabilirler. Tezsiz Yüksek Lisans programlarından mezun olanlar Doktora programlarına başvuramazlar.